香囊酵母菌基因测序鉴定检测

检测项目

基因组DNA提取：采用CTAB法提取，浓度要求≥20ng/μL，OD260/280比值1.8-2.0

16S rRNA基因测序：V3-V4区扩增，引物341F/806R，测序深度≥50,000 reads

ITS区域分析：ITS1/ITS4引物扩增，序列长度范围400-900bp

全基因组测序：Illumina平台PE150测序，覆盖度≥100X

系统发育树构建：基于邻接法分析，Bootstrap值≥1000次重复

功能基因注释：KEGG数据库比对，E-value≤1e-5

致病性基因筛查：毒力因子数据库VFDB比对，覆盖率≥90%

抗生素抗性检测：CARD数据库分析，SNP位点识别精度±1bp

代谢通路重建：MetaCyc通路注释，关键酶EC号验证

菌株同源性分析：SNP差异检测，分辨率≤5个变异位点

质粒携带鉴定：oriT区域扫描，复制子类型分类

环境适应性评估：耐盐/耐酸相关基因簇定位

进化速率计算：dN/dS比值分析，KaKs Calculator 2.0执行

检测范围

传统发酵食品：酸菜/豆豉等发酵制品中的酵母菌群落分析

中药材炮制品：含糖药材发酵过程的微生物污染鉴定

益生菌制剂：复合益生菌中香囊酵母菌的定植能力评估

食品加工环境：生产设备表面微生物群落监测

生物防腐剂：天然酵母抑菌剂的菌种纯度验证

酒类酿造：酒曲中功能性酵母菌株的活性保持检测

动物饲料添加剂：青贮饲料发酵微生物稳定性测试

化妆品原料：天然植物提取物的微生物限度控制

环境样本：土壤/水体中酵母菌的生物多样性研究

医疗标本：免疫缺陷患者深部真菌感染的病原鉴定

工业酶制剂：胞外酶生产菌种的遗传稳定性监测

科研菌种库：模式菌株的分子生物学特性复核

检测标准

ISO/IEC 17025:2017 检测实验室能力通用要求

GB 4789.15-2016 食品微生物学检验 霉菌和酵母计数

ISO 21527-1:2008 食品和饲料中酵母与霉菌检测

EP 2.6.12 欧洲药典微生物鉴定标准

ASTM E2186-02a 微生物基因分型标准指南

GB/T 38580-2020 微生物资源鉴定规范

ISO 20391-1:2018 细胞计数标准方法

CLSI MM18-A 真菌分子检测指南

GB/T 35921-2018 高通量基因测序技术规范

ISO 20607:2018 生物样本库标准

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序仪：双通道流动槽，单次运行输出6Tb数据

Nanodrop One超微量分光光度计：检测范围2-15000ng/μL，精度±1ng/μL

Qubit 4.0荧光计：dsDNA高灵敏度检测，线性范围0.05-1000ng

Bioanalyzer 2100生物分析仪：DNA完整性评估，灵敏度0.5pg/μL

QuantStudio 7实时PCR仪：96孔板温度均一性±0.25℃

MiSeq FGx基因分析仪：法医级精度，Q30≥80%

Covaris M220超声波破碎仪：DNA片段化精度±50bp

Thermo Fisher Orbitrap Fusion质谱仪：肽段鉴定速度20Hz

Oxford Nanopore GridION：长读长测序，读长>100kb

Beckman Coulter Biomek i7自动化工作站：移液精度±0.5%