新菌株鉴定检测

检测项目

菌株形态学分析：观测菌落形态、细胞结构及染色特性，包含革兰氏染色、孢子染色及鞭毛染色等参数

生理生化特性测试：检测碳氮源利用能力，涵盖糖醇发酵（葡萄糖/甘露醇等44项）、酶活性（氧化酶/过氧化氢酶等28项）及代谢产物类型

16S rRNA基因测序：采用Sanger法测定1500bp全序列，相似度≥99%为同种判定标准

全基因组测序分析：Illumina平台完成30×覆盖度测序，包含ANI（平均核苷酸一致性）计算及dDDH（数字化DNA杂交）模拟

抗生素敏感性试验：检测β-内酰胺类等8大类32种抗生素的MIC值（最小抑菌浓度），判定标准参照CLSI M100

次级代谢产物筛查：LC-MS/MS检测聚酮类、非核糖体肽类等生物活性物质，质量精度±0.01Da

毒力基因检测：PCR扩增检测溶血素、肠毒素等23种毒力因子，检出限10²拷贝/μL

环境适应性评估：测试温度耐受范围（4-65℃）、pH耐受范围（2.0-11.0）及盐浓度耐受（0-25% NaCl）

生物被膜形成能力：结晶紫染色法定量测定OD₅₉₀值，分级标准：OD<0.1（无）、0.1-0.5（弱）、>0.5（强）

系统发育树构建：基于MLSA（多基因座序列分析）整合atpD/groEL等6个看家基因，Bootstrap值≥70%确认分支可靠性

检测范围

环境微生物样本：土壤/水体中的未知菌株分离鉴定，重点监测极端环境微生物资源

食品发酵菌种：酸奶/酱油等发酵食品的功能性菌株安全性及稳定性验证

临床病原菌分离株：呼吸道/血液标本中多重耐药菌的精准溯源与分型

农业微生物制剂：生物农药及促生菌剂的菌种纯度与功能基因确认

工业酶产生菌：蛋白酶/纤维素酶等生产菌株的遗传稳定性评估

益生菌产品：活菌制剂中菌株同源性及代谢特性一致性检验

极端环境微生物：深海/热泉等特殊生境菌株的系统分类研究

基因工程改造菌：重组菌株的基因组整合位点与表达稳定性验证

文物降解微生物：古籍/壁画等文物表面降解菌的种属鉴定

废物处理功能菌：有机污染物降解菌的代谢通路关键酶基因检测

检测标准

ISO 20776-1:2019 临床实验室细菌药敏试验参考方法

ISO 15214:1998 食品微生物学-乳酸菌属鉴定方法

GB 4789.35-2016 食品微生物学检验-乳酸菌检验

GB/T 38580-2020 微生物资源鉴定规范

CLSI MM18-A 细菌真菌分子分型指南

JJF 1843-2020 微生物核酸定量测量结果溯源性规范

EPA MLG 8.01 环境微生物分子检测标准流程

Pharmacopoeia Europea 2.6.13 药用菌种检定通则

AOAC 997.02 益生菌产品菌株鉴定方法

GB/T 34224-2017 生物制品生产检定用菌种质量控制

检测仪器

全自动微生物鉴定系统：VITEK 2 Compact采用64孔生化反应卡，4-18小时完成190种生化反应检测

三代纳米孔测序仪：Oxford Nanopore PromethION支持超长读长（>100kb），实时解析宏基因组样本

基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪：Bruker MALDI-TOF Biotyper通过核糖体蛋白指纹谱实现分钟级菌种鉴定

高通量表型芯片：Biolog GEN III系统同时检测1960项碳源/渗透压/PH代谢表型，分辨率达0.01 OD

全自动药敏分析仪：BD Phoenix M50执行MIC梯度扩散法，覆盖120种抗菌药物测试

冷冻扫描电镜：Hitachi Regulus 8230实现含水生物样品5nm分辨率成像

微生物生长曲线分析仪：Bioscreen C连续监测600孔样本的OD₆₀₀值，温度控制精度±0.1℃

实时荧光定量PCR仪：Applied Biosystems QuantStudio 7支持六色通道检测，灵敏度达单拷贝级别

显微激光拉曼光谱仪：Renishaw inVia通过特征光谱峰实现单细胞代谢状态无损分析

自动化核酸提取工作站：QIAcube HT同步处理96样本，DNA回收率≥95%