玉米全基因组测序检测

检测项目

全基因组从头测序：采用二代/三代测序技术组装染色体水平参考基因组，Contig N50≥100kb，Scaffold N50≥1Mb

基因组组装质量评估：通过CEGMA评估核心基因完整性≥95%，BUSCO评分≥90%

结构变异检测：检测≥50bp的插入缺失变异(Indel)及拷贝数变异(CNV)，分辨率≤10bp

单核苷酸多态性分析：SNP位点检测灵敏度≥99.9%，假阳性率≤0.01%

重复序列注释：识别SSR/STR微卫星序列，定位端粒和着丝粒区域重复单元

功能基因注释：基于GO/KEGG数据库进行基因功能分类，注释率≥85%

转录因子鉴定：全基因组水平识别bHLH、MYB等家族转录因子

代谢通路重建：整合KEGG MetaCyc数据库构建次级代谢通路模型

比较基因组分析：与B73 RefGen_v4基因组进行共线性分析

分子标记开发：基于SNP/InDel开发SSR标记，多态性≥70%

表观遗传标记检测：全基因组甲基化位点识别，覆盖CG/CHG/CHH三种类型

叶绿体基因组组装：独立组装环状cpDNA，完整度≥99%

检测范围

玉米育种核心群体：包含500个以上自交系的遗传多样性分析群体

地方种质资源：具有地域特色的传统玉米品种种质资源库样本

转基因品系鉴定：外源基因插入位点及拷贝数精确分析

突变体库筛选：EMS化学诱变群体中目标性状突变体验证

单倍体诱导系：HI-1/HI-2等高诱导率材料遗传背景分析

远缘杂交后代：玉米与摩擦禾属间杂交材料的渗入片段定位

人工合成群体：双单倍体(DH)群体遗传图谱构建

品质性状关联材料：高油酸/高赖氨酸等特种玉米资源

病害抗源材料：抗大斑病/茎腐病等重要病害种质

极端环境适应种：耐旱/耐盐碱特异材料的基因组适应性进化分析

古碳化籽粒：考古遗址出土玉米遗存的古DNA测序

染色体片段代换系：目标QTL区间≤5Mb的精细定位材料

检测标准

ISO/IEC 17025实验室管理体系规范

GB/T 34796-2017 核酸测序质量评价通用要求

ISO 20395:2019 生物技术-核酸测序技术要求

GB/T 38551-2020 植物品种鉴定MNP标记法

ISO 21571:2005 食品及饲料中转基因成分检测核酸提取

GB/T 35828-2018 高通量测序数据质量控制标准

FAO/WHO植物基因组编辑食品评价准则

GB/T 30988-2014 植物DNA条形码鉴定方法

EN ISO 24276:2006 转基因检测核酸扩增标准程序

GB/T 34800-2017 蛋白质组学数据标准

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序仪：采用双通道S4流动槽，单次运行输出6Tb数据，用于全基因组深度测序

Oxford Nanopore PromethION：纳米孔测序平台，读长＞100kb，用于基因组支架构建

Agilent 4200 TapeStation：核酸样本完整性检测，DNA完整性数值(DIN)≥7.5

Covaris M220超声破碎仪：DNA片段化处理，目标片段450bp±50bp

Qubit 4.0荧光计：dsDNA HS检测模式，定量精度±0.5ng/μL

Beckman Coulter Biomek i7：自动化建库工作站，通量192样本/批次

Thermo Fisher QuantStudio 6：数字PCR仪，绝对定量检测拷贝数变异

Eppendorf 5920R高速冷冻离心机：最大离心力30,817×g，用于DNA沉淀回收

Bio-Rad S1000梯度PCR仪：退火温度精度±0.2℃

HiSeq X Ten系统：超高通量测序平台，年通量＞18000个基因组