细胞转录组学检测

检测项目

RNA完整性检测：RIN值≥7.0评估，Agilent 2100 Bioanalyzer分析，DV200值测量

全转录组测序：采用Illumina NovaSeq平台，测序深度≥30M reads/sample，双端150bp模式

信使RNA定量分析：FPKM/TPM标准化表达量计算，检测灵敏度0.1TPM

差异表达基因筛选：|log2FC|≥1且p-adj≤0.05标准，DESeq2算法分析

可变剪切事件鉴定：rMATS软件分析，剪接率ΔPSI≥10%判定

融合基因检测：STAR-Fusion算法，支持读段≥5作为阳性标准

长链非编码RNA分析：NONCODE数据库注释，表达量≥1FPKM筛选

新转录本预测：StringTie组装，与GENCODE v38参考基因组比对

基因富集分析：GO/KEGG通路富集，p-value≤0.01显著性判定

单细胞转录组测序：10x Genomics平台，细胞捕获效率≥65%

转录因子调控网络：SCENIC算法分析，AUC阈值≥0.15筛选

RNA编辑位点检测：REDItools识别，编辑频率≥10%标准

检测范围

肿瘤组织样本：癌与癌旁组织配对分析，FFPE样本解交联处理

干细胞分化研究：多能干细胞向三胚层分化过程监测

免疫细胞分型：T细胞亚群激活状态转录特征解析

神经退行性疾病模型：阿尔茨海默症脑组织tau蛋白表达谱

植物胁迫响应：干旱/盐胁迫下根系基因调控网络

药物毒性评估：肝细胞药物代谢酶CYP家族表达变化

微生物宿主互作：病原体感染后宿主免疫通路转录调控

胚胎发育时序分析：斑马鱼原肠胚阶段空间转录组

罕见病诊断：脊髓性肌萎缩症SMN1/2基因表达量检测

转基因生物安全评价：外源基因插入位点转录影响评估

环境污染物暴露：双酚A暴露下内分泌细胞转录扰动

器官类芯片系统：肺器官芯片气液界面分化验证

检测标准

ISO/IEC 17025:2017检测实验室通用技术要求

ISO 20395:2019测序平台性能验证标准

GB/T 37872-2019高通量测序数据质量控制

GB/T 34796-2017核酸提取物定量规范

EN ISO 15189:2012医学实验室RNA检测要求

CLSI MM19-A2临床基因测序指南

MIQE指南：RNA测序实验最小信息标准

FAIR原则：测序数据可追溯性管理规范

ISO 9001:2015质量管理体系运行要求

GB/T 30988-2014生物样本库信息管理规范

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序系统：双通道S4流动槽，单次运行输出6Tb数据

Agilent 4200 TapeStation：自动化RNA完整性检测，样本通量96个/批次

Qiagen QIAcube HT：全自动核酸提取平台，支持FFPE样本标准化处理

Beckman Coulter Biomek i7：自动化文库构建工作站，移液精度0.1μL

Thermo Fisher QuantStudio 5：数字PCR绝对定量，检测限5拷贝/μl

10x Genomics Chromium X：单细胞捕获系统，单次运行80000细胞通量

Covaris M220：聚焦超声破碎仪，可控片段化范围150-600bp

Bio-Rad QX200微滴发生器：微滴式数字PCR检测，分区数20000/样本

PerkinElmer Chemagic 360：磁珠法核酸纯化系统，日处理量576样本

BioNano Saphyr：光学图谱系统，超长读长>300kb基因组组装